긴 유전정보를 읽는 기술은 기존 검사로 놓칠 작은 비율의 이상도 찾았을까요?

상세 설명

유전질환의 분자진단에서 스플라이싱 변이가 차지하는 비중은 10% 미만으로 보고된다. 초록은 이 수치가 과소평가되었을 가능성이 크다고 설명한다. 이러한 변이의 영향을 예측하기 어렵고 기능 분석이 필요하며, 변이의 위치와 사용하는 시퀀싱 기술에 따라 검출하지 못할 수도 있기 때문이다.

이 실험실 연구는 비정상 스플라이싱을 규명하고 정량하는 데 나노포어 시퀀싱이 얼마나 유용한지 평가했다. 연구진은 유전성 망막이영양증 환자에서 확인된 스플라이싱 후보 변이 19개를 선정했다. 여러 인실리코 도구를 사용해 변이가 유발하는 비정상 스플라이싱의 유형을 예측하고 그 정도를 추정했다.

변이의 기능적 특성은 미니유전자 분석 또는 전혈 유래 cDNA를 이용해 평가했다. 생성된 전사체를 확인하기 위해 미니유전자 특이적 cDNA 또는 혈액 cDNA 내 표적 유전자를 PCR로 증폭한 뒤 나노포어 시퀀싱을 적용했다.

19개 변이 중 13개가 비정상 스플라이싱을 일으켰으며, 여기에는 잠재적 스플라이스 부위의 활성화, 엑손 건너뛰기, 가성엑손 포함 또는 이들의 조합이 포함됐다. 나노포어 시퀀싱으로 전장 전사체를 확인하고 정확하게 정량할 수 있었으며, 이러한 결과는 인실리코 예측과 일치하는 경우가 많았다. 이 방법은 RT-PCR 후 생어 시퀀싱 같은 기존 방식으로는 검출되지 않을 저빈도 전사체를 신뢰성 있게 검출했다.